根据教育部科技发展中心函[2013]116号文件《关于公布2012年度“中国科技论文在线优秀期刊”暨“中国科技论文在线科技期刊优秀组织单位”评选结果的通知》发布的数据，对”年收录在"中国科技论文在线"的教育部主管的科技期刊，从期刊的影响因子和他引率、网站收录论文数和下载量、期刊入网的完整性及期刊编委的国际化程度、开放存取等进行统计分析,经过严格的评审，评选出“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖33项，二等奖62项，《西南交通大学学报》获“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖，西南交通大学获"中国科技论文在线科技期刊”优秀组单位奖。
另外，西南交通大学学报编辑部获四川省高校科技期刊研究会颁发的“2013年四川省高校科技期刊优秀编辑部”称号。
