近日，生命科学与工程学院郭志云课题组在国际权威生物信息学领域期刊Computers in Biology and Medicine在线发表题为“Methods, bioinformatics tools and databases in ecDNA research: An overview”的文章（JCR一区，影响因子7.7分）。郭志云为独立通讯作者，研究生赵欣宇为第一作者，西南交通大学为通讯作者单位。
染色体外DNA (extrachromosomal DNA, ecDNA)来源于染色体，是一种癌症特异性的环状DNA分子。EcDNA驱动肿瘤的发生和进展，这与多种癌症的不良临床结果和耐药性有关。在过去几十年，由于技术的限制，人们对ecDNA的研究长期停滞不前，然而，近年来，随着生物学技术的进步，特别是基因组技术和新的生物信息学方法的出现，开辟了新的研究途径，ecDNA的相关研究得以快速进展，大大拓宽了人们对其结构和生物学功能的理解。高通量测序技术、第三代测序技术、单细胞测序技术以及优化的数据分析方法等已成为ecDNA研究中的有力工具，为绘制人类癌症以及疾病组织中ecDNA的景观提供了机会。
文章系统地对用于ecDNA研究的方法、生物信息学工具、数据库以及分析方法等方面进行了描述，从功能、数据源、通量、工作原理、性能等方面对这些生物信息学工具进行了比较与分析。此外，还讨论了它们在具体研究中的应用实例、优势以及局限性。通过这篇综述可以帮助到生物学、医学和药学等相关领域的研究人员选用合适的生物信息学方法和工具对ecDNA进行研究。
郭志云课题组致力于通过干湿结合的方法对肿瘤调控机制进行研究。研究兴趣主要围绕基因组、表观遗传组学、转录组等多组学数据，通过生物信息学与分子生物学手段对肿瘤中的关键调控因子（增强子、ecDNA、转录因子等）进行机制与功能研究。
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